Jej skuteczność zależy przede wszystkim od postaci migotania – czy jest ono napadowe (nawracające napady o czasie trwania nie przekraczającym 7 dni, najczęściej 24-48 godzin), przetrwałe czy też przetrwałe długotrwałe (trwające ponad rok). W doświadczonym ośrodku skuteczność ablacji w napadowym migotaniu wynosi 60-80%, w przetrwałym 50-70%, a w przetrwałym długotrwałym jest jeszcze mniejsza. Dlatego czasem potrzebny jest powtórny zabieg.