Może pojawić się swędząca wysypka, dolegliwości ze strony jamy brzusznej, zaparcia, ból lub zawroty głowy, itp. Stosunkowo często (u ok. 10% chorych) stosowanie dabigatranu (Pradaxa) wiąże się z tzw. dyspepsją (uczuciem zgagi, „pustymi odbijaniami”, pobolewaniem w nadbrzuszu). Objawy te najczęściej pojawiają się lub nasilają od razu na początku leczenia.
Zwiększone ryzyko wystąpienia tego powikłania występuje u chorych powyżej 75 lat, u kobiet oraz w przypadku jednoczesnego zażywania leków takich jak: Acard, Polocard, Aspirin, Ibuprom, Ketonal itp . Dolegliwości zmniejszają się, gdy lek zażywa się wraz z posiłkiem, popija większa ilością wody lub osłonowo stosuje się leki takie jak np. Nolpaza, Controloc, Helicid itp. (zmniejszające wydzielanie soku żołądkowego). Utrzymywanie się dyspepsji jest wskazaniem do odstawienia dabigatranu i zastąpienia go innym lekiem przeciwkrzepliwym.

Xarelto częściej niż Pradaxa może wywołać uszkodzenie wątroby, nie dające objawów ze strony jamy brzusznej; te cechy pojawiają się najczęściej w pierwszych miesiącach leczenia i po odstawieniu leku ustępują.